La structure de Mercure a été décriptée par les clichés réalisés par la sonde Mariner 10. Toutefois, une partie seulement de la surface a fait l'objet d'une cartographie, parce que seules certaines régions se trouvaient dans la zone éclairée.

La surface est presque similaire à celle de la Lune, et on y trouve des cratères, des escarpements, des montagnes, des plaines et des vallées. On y distingue également les mêmes cratères "à rayons" (composés de chaînes de débris ou ayant un pic central), des cratères jeunes et d'autres érodés par les impacts des météores. Les plus grandes montagnes culminent à environ 3000m tandis que les failles peuvent s'étendre sur 550 km.

La structure interne de Mercure regorge de fer dans une proportion atteignant 75% de sa masse. Son noyau occupe plus de 50% de son volume, formant de la sorte une boule de fer encore partiellement liquide. Au-dessus, un manteau de silicate de 600 km d'épaisseur fait la jonction avec l'écorce.

Depuis la Terre, des images radars ont révélé, à proximité des pôles nord et sud, des zones à réflexion élevée. Ceci pourrait indiquer la présence de glace dans ces régions. La glace serait située à l'intérieur de cratères, et surtout située très proche des pôles, où la chaleur moins élevée permet sa conservation.